Baja médica siendo autónomo: cuánto cobras, cuándo cobras y qué tienes que hacer

Un autónomo de baja médica no cobra los primeros 3 días. Del día 4 al 20 recibe el 60% de su base reguladora, y desde el día 21 sube al 75%. Sigue pagando la cuota de autónomos los primeros 60 días; a partir de ahí la asume la mutua. Fuente: Seguridad Social (INSS), 2026.

Por Adrian Rodrigo, CEO de FactuPro — Última actualización: 13 de agosto de 2026

¿Qué es la baja médica (incapacidad temporal) para un autónomo?

La baja médica, técnicamente "incapacidad temporal" (IT), es la situación en la que un autónomo no puede trabajar por enfermedad o accidente y recibe un subsidio de la Seguridad Social mientras dura esa incapacidad. Se distinguen dos tipos, según la Seguridad Social (2026):

• Contingencia común: enfermedad no relacionada con el trabajo o accidente fuera del trabajo (un catarro fuerte, una operación, una caída en casa).
• Contingencia profesional: accidente de trabajo o enfermedad profesional, directamente relacionada con la actividad.

El tipo de contingencia importa porque cambia cuánto cobras y desde cuándo, como verás en la siguiente sección.

¿Cuánto cobra un autónomo de baja médica en 2026?

El importe depende de los días que llevas de baja y del tipo de contingencia. La base reguladora se calcula dividiendo tu base de cotización del mes anterior a la baja entre 30 días.

Ejemplo práctico: si cotizas por una base de 1.200€ al mes, tu base reguladora diaria es de 40€ (1.200 ÷ 30). Entre el día 4 y el 20 cobrarías el 60%, es decir, 24€/día (unos 720€ al mes). Desde el día 21, subes al 75%, es decir, 30€/día (unos 900€ al mes).

Cuanto más baja sea tu base de cotización, menor será tu prestación. Es uno de los motivos por los que muchos autónomos deciden subir su base de cotización cuando pueden asumirlo: no solo afecta a la jubilación, también a lo que cobrarías en una baja.

¿Cuándo empiezas a cobrar y qué pasos tienes que seguir?

1. Pide el parte de baja. Acude a tu médico de cabecera en el sistema público de salud el mismo día que no puedas trabajar y solicita el parte de baja médica.
2. Comunica la baja a tu mutua. Notifica la baja a tu mutua colaboradora con la Seguridad Social en un plazo máximo de 3 días hábiles desde que se emite el parte.
3. Sigue pagando tu cuota los primeros 60 días. Durante ese periodo, la cuota de autónomos corre de tu cuenta con normalidad.
4. Empieza a cobrar desde el día 4. Tu mutua te abona la prestación, normalmente con periodicidad mensual, a partir del cuarto día de baja (o desde el día siguiente si es contingencia profesional).
5. Entrega los partes de confirmación. Mientras dure la baja, presenta los partes de confirmación en el periodo que te indique tu mutua, habitualmente cada 4 semanas.
6. Solicita el alta médica. Cuando te recuperes, pide el parte de alta a tu médico y comunícalo a tu mutua para retomar tu actividad con normalidad.

¿Qué pasa con la cuota de autónomos durante la baja?

Durante los primeros 60 días de baja sigues pagando tu cuota de autónomos con normalidad, igual que cualquier otro mes. A partir del día 61, la mutua colaboradora (o el INSS, si no tienes mutua asignada) asume el pago de la cuota mientras dure la incapacidad, sin que tengas que tramitar nada: la comunicación entre mutua y Tesorería General de la Seguridad Social es automática.

Importante: no te des de baja en el RETA pensando que así te ahorras la cuota. Si lo haces, pierdes la cobertura de la incapacidad temporal y el derecho a la prestación.

¿Qué pasa con las facturas y los impuestos trimestrales mientras estás de baja?

Estar de baja médica no te exime de tus obligaciones fiscales. Sigues teniendo que presentar el modelo 303 (IVA) y el modelo 130 (IRPF) en sus plazos habituales, aunque no hayas facturado nada ese trimestre: en ese caso, se presentan a cero, pero la obligación de declarar no desaparece.

En cuanto a seguir facturando trabajo activo: no deberías hacerlo mientras estás de baja. La incapacidad temporal implica, por definición, que no puedes trabajar, y emitir facturas por servicios prestados durante ese periodo puede considerarse incompatible con la prestación y motivo de suspensión. Lo que sí puedes hacer es seguir gestionando cobros y trámites de facturas emitidas antes de la baja.

Errores comunes al pedir la baja médica siendo autónomo

• No comunicar la baja a la mutua en plazo. El retraso puede demorar el cobro de la prestación.
• Dar de baja el RETA pensando que se ahorra dinero. Se pierde la cobertura y el derecho a cobrar.
• Seguir facturando trabajo activo durante la baja. Puede considerarse incompatible con la prestación.
• No presentar los modelos trimestrales aunque no haya actividad. La declaración a cero sigue siendo obligatoria.
• No revisar la base de cotización antes de una baja previsible. Una base baja significa una prestación baja.

Preguntas frecuentes

¿Puedo seguir facturando estando de baja médica como autónomo?

No deberías emitir facturas por trabajo realizado durante la baja: la incapacidad temporal implica que no puedes trabajar, y hacerlo puede considerarse incompatible con la prestación y motivo de suspensión. Sí puedes seguir gestionando facturas y trámites de antes de la baja.

¿Qué pasa con el modelo 303 y el 130 si estoy de baja?

Sigues obligado a presentarlos aunque no factures durante ese trimestre. Si no ha habido actividad, se presentan a cero, pero la obligación de declarar no desaparece por estar de baja.

¿Cuánto tiempo puede durar una baja médica de autónomo?

La incapacidad temporal puede durar hasta 365 días, prorrogables 180 días más si el médico estima que puedes recuperarte. Superado ese plazo, el INSS valora si pasas a una incapacidad permanente.

¿Tengo que pagar la cuota de autónomos si estoy de baja?

Sí, durante los primeros 60 días de baja sigues pagando tu cuota de autónomos. A partir del día 61, la asume tu mutua colaboradora o el INSS y quedas exonerado del pago mientras dure la incapacidad.

¿Qué pasa si mi baja médica es por accidente de trabajo?

Si la baja es por contingencia profesional (accidente de trabajo o enfermedad profesional), cobras el 75% de tu base reguladora desde el día siguiente a la baja, sin los 3 primeros días sin cobrar que sí aplican en la enfermedad común.

No dejes tu contabilidad de baja también

Una baja médica ya es suficiente estrés como para además perder tickets o retrasarte con tus facturas. Con FactuPro sigues registrando gastos y controlando tus facturas desde WhatsApp, sin abrir un panel ni aprender nada nuevo, aunque estés parado unos días.